V letech 1961 až 62 byla budova adaptována na plicní léčebnu i s uzavřeným oddělením pro neukázněné pacienty. Z této doby se již datuje činnost komplementu radiodiagnostického oddělení a laboratoře.
V roce 1966 Krajský národní výbor Plzeň zrušil plicní léčebnu a zařízení předal do správy OÚNZ Klatovy. Po úpravách zde bylo zřízeno interní oddělení. Nacházela se zde akutní interní lůžka, lůžka pro dlouhodobě nemocné a lůžkové kožní oddělení. Léčebna i kožní oddělení mělo širokou spádovou oblast -okresy Klatovy, Domažlice a Plzeň jih.
V 80. letech se provedla rozsáhlá rekonstrukce budovy, která byla zahájena
v roce 1984, a ukončena v roce 1987.
V roce 1991 po rozpadu OÚNZ Klatovy vznikla samostatná organizace Nemocnice Horažďovice, která ihned od počátku masově investovala, z počátku do přístrojového vybavení, a následně do stavebních investic.
V roce 1998 byla zrušena všechna akutní lůžka a nemocnice se dále specializovala pouze na péči následnou, převážně rehabilitační a ošetřovatelskou. Proto prošla nemocnice od konce 90. let až do současnosti řadou výrazných změn.
Mezi hlavní změny patří vybudování nového rehabilitačního oddělení s bezbariérovými vstupy, bazénkem s posuvným dnem a velkou tělocvičnou, které bylo napojeno podzemním tunelem s hlavní budovou nemocnice. Dále bylo v areálu nemocnice vystavěno multifunkční hřiště s bezbariérovým napojením na asfaltové chodníčky. Celá hlavní budova nemocnice byla opravena a rozšířena o dvě nové přístavby, které umožnily provozovat ústavní kuchyň dle nových hygienických norem, a dále se výrazně zvýšil komfort hospitalizovaných a ambulantních pacientů. V současné době je
v nemocnici třicet dvoulůžkových pokojů, dvacet třílůžkových pokojů a pět čtyřlůžkových pokojů.
V roce 2003 se změnil zřizovatel nemocnice – ze zaniklého Okresního úřadu v Klatovech na Plzeňský kraj, a v tomto roce se také nemocnice přetransformovala z příspěvkové organizace na obchodní organizaci – společnost s ručením omezeným.
